Pemeriksaan Fisik :
Mencari tanda-tanda alergi, adanya urtikaria, asma, tanda-tanda shock anafilaktik dan gejala gastrointestinal, vsakuler, muskuloskeletal dan lain-lain.

Pemeriksaan Laboratorium :

    Adanya peningkatan kadar eosinofil dan IgE spesifik dalam darah menunjukkan adanya alergi.
    Tes kulit : tes gores untuk mencari alergen penyebab. Ada korelasi yang baik antara tes kulit dengan alergen makanan seperti : susu, telor, coklat, ikan, kacang, udang, dan lain-lain apabila diameter bintul +/- 3 mm.
    Tes intradermal nilainya terbatas, berbahaya.
    Tes hemaglutinin dan antibodi presipitat tidak sensitif.
    Biopsi usus : sekunder dan sesudah dirangsang dengan makanan food chalenge didapatkan inflamasi / atrofi mukosa usus, peningkatan limfosit intraepitelial dan IgM. IgE ( dengan mikroskop imunofluoresen ).
    Pemeriksaan/ tes D Xylose, proktosigmoidoskopi dan biopsi usus.
    Diit coba buta ganda ( Double blind food chalenge ) untuk diagnosa pasti.


DIAGNOSA BANDING :

    Gastrointestinal refluks, ulkus peptikum, sindrom malabsorbsi, gangguan psikologik, pankreatitis, keracunan obat ( teofilin ).
    Intoleransi makanan : reaksi non imunologik yang abnormal, namun masih merupakan reaksi fisiologik.
    Idiosinkrasi makanan : reaksi terhadap makanan tidak berlandaskan reaksi imunologik. Biasanya terhadap bahan pengawet atau bahan warna yang terkandung dalam makanan.
    Keracunan makanan : reaksi timbul dan mengenai semua yang makan makanan tersebut, karena makanan mengandung bahan toksik atau terkontaminasi oleh bakteri yang membuat toksin.