Sistem kekebalan melepaskan antibodi. Jaringan melepaskan histamin dan zat lainnya. Hal ini menyebabkan penyempitan saluran udara, sehingga terdengar bunyi mengi (bengek), gangguan pernafasan; dan timbul gejala-gejala saluran pencernaan berupa nyeri perut, kram, muntah dan diare. Histamin menyebabkan pelebaran pembuluh darah
(yang akan menyebabkan penurunan tekanan darah) dan perembesan cairan dari pembuluh darah ke dalam jaringan )

(yang akan menyebabkan penurunan volume darah), sehingga terjadi syok. Cairan bisa merembes ke dalam kantung udara di paru-paru dan menyebabkan edema pulmoner. Seringkali terjadi kaligata (urtikaria) dan angioedema. Angioedema bisa cukup berat sehingga menyebabkan penyumbatan saluran pernafasan. Anafilaksis yang berlangsung lama bisa menyebabkan aritimia jantung.

Gejala-gejala yang bisa ditemui pada suatu anafilaksis adalah:

• gatal di seluruh tubuh
• hidung tersumbat
• kesulitan dalam bernafas
• batuk
• kulit kebiruan (sianosis)
• juga bibir dan kuku
• pusing, pingsan
• kecemasan
• berbicara tidak jelas
• denyut nadi yang cepat atau lemah
• jantung berdebar-debar (palpitasi)
• mual, muntah
• diare
•  nyeri atau kram perut
• bengek
• kulit kemerahan